1.) Was stand denn in deinem Lebenslauf? Wenn da stand konfessionslos, wird das kein Problem sein.
2.) Wer ist denn der Träger (gerne auch per PN)? Es gibt in NRW Träger die eher liberal sind und Träger die sehr reine Lehre fahren. Je nachdem ist auch der Grad der Problematik.
3.) Bist du angestellt auf einem Planstellenvertrag (beamtenähnlich) oder angestellt nach TV-L? Bei der Kirche bist du in NRW arbeitsrechtlich immer angestellt, aber es gibt dennoch denselben Unterschied wie beim Land, nur innerhalb des Angestelltenstatus. 
Ganz generell kann man sagen: Bei unserem Träger gibt es evangelische, katholische und muslimische Lehrkräfte, was anderes habe ich bisher nicht gesehen, das kann aber auch schlicht am Mangel an Bewerbern liegen, denn ich stimme zu, dass Atheist und für die Kirche arbeiten irgendwie komisch ist. 
P.S.: Link zur Grundordnung, Artikel 3 Absatz 4 könnte einschlägig sein, warst du vorher katholisch (dann wärst du raus) oder evangelisch (dann sollte es egal sein)? Wenn du nie getauft worden bist, wäre es auch kein Problem gewesen.